噶尔丹汗在昭莫多之战中虽然损失惨重，但是噶尔丹本人在战役中生存了下来，带着五千多人一同驻扎在杭爱山中的塔米尔河畔一带。皇帝担心噶尔丹将会通过哈密，经由青海进入西藏。哈密为噶尔丹旧有的领地，青海和硕特部族领袖博领克图的媳妇，就是噶尔丹的女儿；在西藏西部，噶尔丹被视为
尹咱・呼图克图活佛转世，因此也拥有追随的民众。
不只如此，皇帝还从投降的准噶尔人口中，得知当时达赖喇嘛五世圆寂已达九年的风声，皇帝因此派遣使者前往拉兰，一方面提出四项要求：公布达赖喇嘛圆寂的真相、派遣班禅喇嘛至北京、交出济隆・呼图克图、引渡噶尔丹的女儿；另一方面，则是联络准噶尔本国的策妄阿拉布坦，希望能狗提供协助，一同逮捕噶尔丹。
此时传来情报，噶尔丹军队于七月二十六日从塔米尔河出发，正朝翁金河方向开始南进。在翁金河一带有清朝西路军所留下的粮食，若是该处落入敌方之手，解决噶尔丹会变得更加困难。
于是,皇帝决定再次亲临前线，指挥作战。这时是一六九六年十月十四日，距离前次回京不到三个月的时间，皇帝这次带着大阿哥胤堤、三阿哥胤祉、八阿哥胤禳从北京出发，远赴南蒙古的库库和屯(「青城」，现今的呼和浩特)。这次的路线是由北京往西北，经居庸关，从张家口离开长城，在南蒙古地区朝西前进。在这第二次的亲征中，皇帝仍旧不辛劳地书写信件，给留守北京的皇太子：
「我身体安康。此次不同于前，物产丰富、气候宜人，日日心旷神怡。听说长城之外，今年较暖。我问马齐，他说沿途水源、牧地丰富，野兔也多，山上也有野兽生息，应该是不需烦忧。另外，每年上呈皇太后的物品，三日由你样自送达。
我也会随后派遣太监，送上草原名产数种。」
「我身体安康。你呢？我在二十八日(十月二十三日)离开长城；长城外的状况看起来和长城内一样，并不算非常寒冷。野兔多且肥。又听说，在库库和屯前方的哲尔德・莫芬一 带，野鸡非常地多。我在的地方，老鹰的数量有点不足；在京师如果有豢养的老鹰，挑选海青四 、五只，新骑四、五只，合计十只，命令负责老鹰及海青的侍卫们送来。能够自力前来的人，就骑乘自己的马匹，无法自力前来的，就借用上四院的三匹马，以供运送。抵达之后，我将赐予马匹。」
在这里，皇帝接获抚远大将军费扬古的报告：一名前来投降的人阿玉锡表示，十月四日时，噶尔丹的部将丹济拉，出兵袭击位于翁金河的粮仓后，遭逢回营的清军，结果反而遭到清所击破。皇帝在报告书的最后,书写如下的内容，寄送到皇太子的手上：
「阿玉锡此人与报告书一起，于二十八日傍晚时分抵达。我讯问阿玉锡时,他供称：丹济拉对于劫米的事情，其实兴趣并不高，但许多部下纷纷表示：『如今在翁金河处有米粮，比起活活饿死，不如劫米求生。』才决定出动。约在一日路程之处，我们遭遇到(清军)哨兵，有三名喀尔喀人被活捉。紧接着，我们躲藏在山丘暗处，引诱清军归营的士兵前来，并从中央切入，展开突击。运送米粮的兵士并未穿着鎧甲；他们吹乡法螺贝，包夹队伍的前后两方，发炮四次后，我们便立即逃走。在脱逃途中，我看见十具以上的厄鲁特人尸体。其他的事情就不知道了。
我又问他，我方士兵是否受到损害？阿玉锡回答，丹济拉曾下令：『只劫米，不许杀人。』
其实也没有余裕去杀人，反倒是损失了许多厄鲁特马匹。丹济拉脱逃后，苦闷地大叹：『想在清澈的水中捕鱼，现在不仅把水淘的混浊，鱼也没捕到。现在该如何是好？』马也日渐疲弊，许多人改为徒步。在我之后，有很多人也前来投就。以上为大致概要，详细情况等我(皇帝)抵达之后，再行纪告。」