正当康熙皇帝坐上北京紫禁城中的龙椅之际，在西北方一千两百公里处、戈壁沙漠另一端的北蒙古之地，也有一名二十七岁的青年僧侣，以领导者的身分统治游牧于东起大兴安岭山脉、西至杭爱山之间大草原地区的喀尔喀蒙古部族战士；他的称号是「哲布尊丹巴・呼图克图」。所谓「呼图克图」,在蒙古语中意味着「有福者」,在藏传佛教(喇嘛教)中，是被认定为某位高僧转世的喇嘛(上人)所拥有的称号。
哲布尊丹巴一世的父纪，是喀尔喀左翼的领袖，同时也是成吉思汗子帝的衰布・土谢图汗。在更早之前的一六三四年，满洲人入侵南蒙古，彻底征服戈壁沙漠以南的蒙古部族。喀尔喀部左翼的长老，车臣汗感受到威协，于是与嫡系的衮布・土谢图汗讨论，决定为了团结部族，将拥戴共同的精神首长。
此时，恰巧西藏的高僧多罗那他圆寂。多罗那他是撰写《印度佛教史》的著名学者，同时也是替当时掌控西藏政权的辛厦巴家族制定法典的人物。
翌年、亦即一六三五年的十一月四日，布家初生的第三位男婴，被认定是多罗那他的转世活佛。当时虽是初冬季节，在杭爱山中的衰布阵营，却开满了各种颜色的花朵，据说有人看见一位异国学僧乘着大象，从南方疾驰而来的模样。这位男婴,就是哲布尊丹巴・呼图克图一世。
哲布尊丹巴在年满三岁时才终于开口说话，不进一开口却以藏语念诵出「我师事三世诸佛，转法转而至无上」，屡创奇迹。
他在四岁时剃发，一六三九年，也就是他五岁的时候，在一位名为尹咱・呼图克图的西藏喇嘛之下受比丘戒，成为一位正式的僧侣。喀尔喀左翼的蒙古人在锡林郭勒的查干诺尔湖畔召开大会，将这名少年喇嘛选定为最高领袖。
三年后在西藏地区，达赖喇嘛五世取代原本的辛厦巴家族，掌握西藏的统治权。再过两年，满洲人征服中国，年仅七岁的清朝顺治皇帝登上北京的龙椅，即为日后康熙皇帝的父亲。
康熙皇帝即位当时，哒赖喇嘛五世正值四十五岁。他曾经担任位于西藏中央地区拉萨西方郊外，格鲁派哲蚌寺的座主，对来自西藏西部地区、却统治整个西藏的辛度巴家族怀抱着敌意。特别是辛厦巴家族并非属于达赖喇嘛的格鲁派，而是噶举教派的保护者，因此达赖喇嘛五世更是与之不睦。
一六三四年，与满洲人征服内蒙古的时期相同，噶尔派信徒的领袖——绰克图・珲台吉丛北蒙古的喀尔喀左翼地区出发，越戈壁沙漠南下，占领西藏东北部的青海队地区。青海地区是从华北、蒙古地区进入西藏的主要通路,当此处被其他教派占领，与北亚本派教徒的联络便会遭到阻断；不需要太久的时间，物资匮乏的西藏教团,就会面临瓦解的困境。在此次的危横中，达赖喇嘛决定利用瓦刺族信徒的武力。
瓦刺族的分布是丛北蒙古的西部地区，一路延伸至今日新疆维吾尔自治区的北部地带。他们是游牧民族,使用的语言近似蒙古语；十五世纪时曾经在北亚建立起巨大的帝国，但是到了这个时期努力已然衰退,主要根据地为杭爱山脉西部，从属于喀尔喀右翼札萨克图汗家族。瓦剌族内部又可分部族，其中之一——和硕特部族的领导者，名为固始汗，为虔诚的佛教徒。
回应达赖喇嘛的请求，固始汗与准噶尔部族领袖——和多和沁・巴图尔珲台吉,一同进军青海；在一六三七年的战役中，他们杀死绰克图，接着平定西藏全土，推翻辛度巴家族的统治。一六四二年四月，他们将西藏佛教界的领导权献给达赖喇嘛。固始汗自己则是游牧于青海草原，坐上达赖喇嘛与格鲁派保护者的地位。
于此之前，早在一六四国年，喀尔喀左翼、右翼与瓦剌各部族召开大会，缔结同盟条约，团结一致；主持换约仪式的见证人，正是前一年授戒哲布尊丹巴・呼图克图的尹咱・呼图克图。
其后在一六五二年底，达赖喇嘛受清朝顺治皇帝的招待访问北京，受到盛大的欢迎，其影响力远及当时在清朝就治下的南蒙古各部族。特别是一六五五年固始汗逝世后，连青海的硕领特部族也直接服丛于达赖喇嘛的命令。但是达赖喇嘛的威望，并未深入哲布尊丹巴・呼图克图领导下的北蒙古喀尔喀左翼。
此时，有一位正在西藏留学的瓦剌族少年喇嘛，名为噶尔丹。他是固始汗征伐青海之际，随行的部族领袖巴图尔-珲台吉之子。噶尔丹生于一六四四年，也就是清朝顺治皇帝入城北京的年份，他被纪为是前一年逝世的西藏高僧尹咱・呼图克图的转世降生。尹咱・呼图克图就是授戒哲布尊丹巴・呼图克图，并在喀尔喀与瓦剌签订同盟条约时，在埸见证的人物。挨句话说，对噶尔丹而言，哲布尊丹巴是自己前世的弟子。这项背景在日后造成十分重大的影。
噶尔丹在十三岁时首次前往西藏，于拉萨朝见达赖喇嘛。但是，前世尹咱・呼图克图的财产还在西藏西部。因此，噶尔丹直接前往西藏西部的首都日喀则，在当地属于格鲁派的扎什伦布寺，拜座主班禅喇嘛一世为师。班禅喇嘛也是达赖喇嘛的师尊，是位德行高深的僧侣。噶尔丹在扎什伦布寺的五年间， 所学良多，但班禅喇嘛一世在一六六二年，以九十四岁的高龄圆寂。
十九岁的噶尔丹于是转而前往西藏中央地带的拉萨，拜达赖喇嘛五世为师。这一年也是清朝康熙皇帝即位的翌年。噶尔丹这号人物，不久将与康熙皇帝为敌，展开将北亚一分为二的大战。