接下来，让我们将话题转回中国。在北京，康熙皇帝尚未成年的期间，政务将是在索尼、，纪克兰哈、过必隆、鳌拜四位辅政大臣共同商议之下，所推行的集国辅政机制。
在四位辅政大臣之中，以鳌拜的势力最为强大，其次则是苏克萨哈；但后来苏克萨哈的势力逐渐被鳌拜所压制，鳌拜派的人马独占朝廷要职，并无情地迫害反对势力，往往将对方逼至死刑。
一六六七年索尼逝世，苏克萨哈自觉已经走到了穷途末路，于是提出退隐官埸的请求。在苏克萨哈的上奏文中，有这样的一段话：
垦请皇上命令臣子前往先帝陵寝守陵，如此臣子方能苟延残喘、保全性命。」
康熙皇帝听后，深感疑惑：
「我不明白，究竟有什么紧迫不已之事，会让他无法在此处生存,非得前去守陵,才得以苟延残喘呢？」。
鳌拜趁此机会打算收拾政权，于是将苏克萨哈上奏纪求守陵的行动，归因于苏克萨哈不愿皇帝效命，并洋洋洒洒地列出苏克萨哈的二十四条大罪，决定将苏克萨哈与其七名儿子、一名孙子、两名侄儿以及同族的两人全部判处死刑，奏请皇上定夺。
康熙皇帝深知，这是鳌拜基于个人恩怨、罗织罪名的行为，因此并未立刻批准鳌拜的奏文，但是鳌拜搂起袖子大声向皇帝咆哮，经过数日的疲劳轰炸，康熙皇帝终于屈服，苏克萨哈一家惨遭灭族。
然而，鳌拜轻视康熙皇帝的态度，则是他最大的疏忽。康熙皇帝压下自己内心的情绪，在日常政务中小心翼翼地摧出一副信用鳌拜的立埸，私底下在随侍身边的待卫中，选出臂力过人的青年，假装自己正熟衷于蒙古搏克的活动。一六六九年六月十五日，当鳌拜因有事奏而入宫之时，皇帝以眼神暗示，身边的待卫便一拥而上，将鳌拜扑倒在地，五花大绑。随后，皇帝立即公布弑鳌拜的三十条罪状，将他囚禁至死。遏必隆也被剥夺官职。至此，十六岁的少年皇帝，将碍事的大臣们一一收拾干净，首次向朝廷官员宣告，自己是一位拥有独立意志的统治者。
康熙皇帝虽然将北京中央政府的实权握在手中，但是其统治的影响力并未深入中国南方。之所以如此，原因在于被称呼为「三藩」的势力，早已在华南地区扎根发展。
说到底，一六四四年清朝对中国的征服，若是光凭满洲人军队的力量，根本不可能达成；相反地，清朝征服中国的主力，其实都是那些率领自身军队向清朝投降的汉人将领。因此，在平定中国之后，这些汉人将领就直接驻屯在各地，协助清朝维持地方上的治安。所纪的「三藩」，指的就是在云南省昆明的平西王吴三桂、在广东省广州的平南王尚可喜，以及在福建省福州的靖南王耿精忠。从表面上看来，三藩只是单纯的驻屯军司令官，对于地方上的行政，没有被授予任何的权限；但实际上，他们的实力与人脉却牢牢掌控着华南地区，并与朝廷的四位辅政大臣互通声气，看起来就像是独立的王国一般。然而，因为与四位大臣的身影一 举从宫廷中消失，看在三藩的眼中，失去自己在朝廷中的保护者，当然会有所不安。就这样，三藩与北京之间的联系关系，急速冷却下来。
此时，广州的平南王尚可喜已经高龄，一六七一年，他将藩内军队的指导权托付给长男尚之信。然而，尚之信嗜酒成瘾、性格粗暴，就连杀人夺命这种事也丝毫不放在眼里。当他获得军队的指挥权之后，便大兴土木，构筑自己的宫殿，召集党羽，为所欲为。父亲尚可喜处于等同被软禁的状态：面对这种状况,也无能为力。最后,忍无可忍的尚可喜,在一六七三年上书北京，请求将十三个佐领的军队领导权赐予尚之信，让尚之信留在广州，并允许自己带着两个佐领返回故乡辽宁省，安享天年。
其实，尚可喜的意图是想要以此为借口逃出广州，前往北京，直接向康熙皇帝亲诉实情。康熙皇帝阅见尚可喜的书信后，认为父亲还乡却要儿子留驻，实在不合情理，因而命令平南王旗下的全数军队——十五个佐领共六千人撤出广州，返回辽宁省。云南的平西王吴三桂和福州的靖南王耿精忠听闻消息后，在立埸上也不得不向康熙皇帝奏请，表示自己也希望从华南撤兵。
当然，两人在内心之中，是期盼康熙皇帝能够加以出言慰留的；殊不知事与愿违，二十岁的康熙皇帝竟然毫不犹豫地批准奏章，并催促两王速速撤出当地。
事实上，康熙皇帝早已察觉吴三桂与耿精忠中奏纪撤离的行为并非出自本心，但若是将两王所摊有、几乎等同于独立王国的军力继续放置在南方任其坐大，早晚会起身反抗中央政府。于是康熙皇帝盘算着：反正两王终究会发起叛乱，还是趁着对方尚未准备周全之时先下手为强,方为上策。
果然，被这急了的吴三桂动军队，高举反叛的旗帜，从根据地云南省出发，一路向北方征讨，占领贵州省、湖南省、四川省以及广西省，接着又入侵江西省、陕西省。福建省的耿精忠也起身呼应，加入叛乱，入侵浙江省。唯有尚可喜仍忠诚于康熙，固守广东省，与吴三桂、耿精忠军队对战。这就是之后绵延八年之久的「三藩之乱」的开端。
在此状况下，华中华南一带战火纷飞，甚至陕西省方面的政府军也出现易帜的状况，最初的局势对康熙皇帝而言非常不利。看在西藏达赖喇嘛、以及臣服于达赖喇嘛的青海和硕特部族眼中，想必也会认为北京的清朝政府或许就要被推翻吧！因此，达赖喇嘛不只丛一开始就和康熙皇帝的约定好，说和硕特军队不会在此时对四川、云南地区发动攻击，还在一六七五年致信康熙皇帝，劝说康熙皇帝承认吴三桂的独立，达成和解。
尽管如此，康熙皇帝在战略上的长才，可以说是在这一埸难局之中，发挥得淋漓尽致。他不仅鞭策胆小、退缩的皇族将领展开行动，还重用汉人的优秀将领，灵活且适当地分配兵力，确保战斗的补给线，成功将敌方阻挡在长江一线。当他首先收拾完陕西的叛乱后，再劝降耿精忠，取回福建。广东方面，尚之信将尚可喜困在府邸之内，响应吴三桂的叛乱，尚可喜在愤慨之中死去。然而，清军已取回福建，江西的战况也转向有利于清朝，结果尚之信又再度投诚康熙皇帝。
吴三桂见情势不妙，于是索性一不作二不休，于一六七八年在湖南前线登基称帝，不久后逝世。帝位由孙儿吴世瑞继位,但自此之后叛乱就此开始转向衰弱。一六八一年，清军包围昆明，吴世瑞自杀，为期八年的内乱就此画上句号。二十八岁的康熙皇帝，终于将中国全土纳入治理的范围之内。
攻陷昆明城之际，吴三桂、吴世瑞与达赖喇嘛之交往的书信，落入了清军的手中，达赖喇嘛两方讨好的事实因而浮出水面。其后，康熙皇帝便对拉萨的影响力抱持着警戒之心。
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