翌年，也就是一六八二年的四月二日，达赖喇嘛五世圆寂，享年六十六岁。担忧西藏前景的达赖喇嘛留下遗言，表示必须对清廷保持警戒，并且不对外泄漏自己的死讯，关于重要事项的决定，则是使用名为「塔克蒂尔」的制签方式；除此之外，在哲蚌寺附近的一间白哈尔庙，庙中「乃崇」所发出的神谕, 应视为达赖喇嘛本人的瑜令加以实行。所谓的「塔克蒂尔，是在几个精耙团子中，塞入为有答案的纸片，放入碗中，在护法神的前方，一面祈愿一面转动碗，最后被抛出来的楷耙团子，里头的答案纸片即为神的旨意。
摄政桑结嘉措一方面对外宣称达赖喇嘛进入禅定阶段，不与他人会面，另一方面则是私底下探寻转世灵童。翌年的一六八三年，他发现了出生于西藏中央南部隅地地区的达赖喇嘛六世，将之秘密抚养成人。六世长大成人后，成为一位优秀的诗人，写下许多优美的恋爱诗句，最后成为国际政治操弄下的牺牲品，以悲剧画下生命的句点。
在此我们将话题稍稍向前回溯。一六六二年班禅喇嘛一世圆寂，其弟子准噶尔人噶尔丹，重新追随达赖喇嘛五世，在拉萨留学四年后，于一六六六年以二十三岁，结束十年的西藏留学，学成归国。当时，达赖喇嘛五世做出了指示，要长寿之术加持于噶尔丹，并赠送各式各样的物品，以期噶尔丹能够在佛教政策上，做出对西藏有帮助的决策。因此，噶尔丹则是与达赖喇嘛五世详谈，针对眼前与未来的利害关系，表明自己为了助佛教一臂之力，内心有何盘算和计划。
噶尔丹回到故乡时，准噶尔的部族领袖是噶尔丹的同母兄长——僧格。但在一六七0年,因为族内争产的结果，僧格被两位同父异母的兄弟暗杀身亡。噶尔丹随即为兄长报仇雪恨；不过部族领袖的位置，则仍必纪和叔父楚琥尔乌巴什和其子巴哈・班第父子相争。翌年的一六七一年，噶尔丹击败巴哈・班第，成为准噶尔部族的领袖，并且获得了达赖喇嘛五世的认可，得到噶尔丹・珲台吉的称号。僧格的妻子阿努-达拉，可敦是和硕特部族领袖鄂齐尔图车臣汗的孙女，噶尔丹依循游牧民族的习俗，与嫂子结婚，继承已逝兄长的遗产。
怀有雄心壮志的噶尔丹当上准噶尔部族的领袖之后，随即与鄂齐尔国发生突。一六七六年冬季，他在伊犁河畔击溃和硕特军队，俘虏鄂齐尔图。至此瓦剌的领导实权都落到了噶尔丹的手中。噶尔丹在一六七八年，丛达赖喇嘛五世那里获得「博硕克国汗」的称号，为建设团结北亚为统一的大佛教帝国——准噶尔帝国，踏出了第一步。
噶尔丹首先征服了天山山脉东南方的东突厥斯坦。此处原属于成吉思汗次子察合台子孙东察合台汗国领土，此时领导居住在当地绿洲城市中、信奉伊斯兰教的维吾尔人的，是自称为穆罕默德子孙的和卓家族；这个家族内部又分为白山派和黑山派两大派系，不继发展激烈的斗争。
当时统治这个地区的察合台家族伊思玛业勒汗是黑山派的热情支持者，将白山派的首领阿帕克・和卓流放到汗国之外。阿帕克・和卓经由喀什米尔逃进西藏，向达赖喇嘛五世寻求协助。达赖喇嘛五让阿帕克・和卓带着书信，要他将书信送达至噶尔丹之处；如此一来，噶尔丹援助白山派。一六八0年，噶尔丹征服东突厥斯坦，俘虞了伊思玛业勒汗一家，转由阿帕克・和卓担任代理人，坐镇叶尔羌地区，负责贡赋的征收。
在两年后，也就是噶尔丹三十九岁那年，达赖喇嘛五世圆寂，因为摄政桑结嘉措的保密政策，噶尔丹直到最后都法知悉师父的死讯。