也就在同一时期，中国结束了三藩之乱，康熙皇帝也再次将视线往国境之外——他所留意的，是穿越西伯利亚、出现在阿穆尔河的俄罗斯人。早在一六四三年，也就是顺治皇帝进入北京的前一年，俄罗斯人的先锋部队就已经抵达了阿穆尔河地带，但因为遭到清军的讨伐，所以一度销声匿迹。然而，到了康熙皇帝的时代，俄罗斯人又再度涉足阿穆尔河地带。倘若就是么置之不理，满洲人故乡的安全将受到威协。
康熙皇帝一解决完三藩之乱的问题后，为了对付俄罗斯人，便火速在阿穆尔河畔的暧珲地区建立军事基地，进行慎重的准备。一六八五年，清军进攻并破壤俄罗斯人的前进基地——雅克萨要塞。然而俄罗斯人又迅速地重建该基地,于是自一六八六年夏季开始，清军再次攻打雅克萨要塞，包圉战长达三年之久。
不过，对康熙皇帝而言，战争只是解决的手段之一而已。与军事行动并行，他也展开外交交涉，结果在一六八九年，康熙皇帝与俄国斯彼得大帝之间的《尼布楚条约》生效，清廷与俄罗斯的国境线，以阿穆尔河上游、注入石勒喀河的格尔必齐河为界，将俄国斯人挡在阿穆尔河主流的溪谷之外。
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