根据和约的内容，沙喇・札萨克图汗要求察珲多尔济部族原属的人民，但是察珲多尔济只返还了一半。为了沙喇，噶尔丹去信察珲多尔济,要求履行和约的内容，否则将诉诸武力。对此,察珲多通知康熙皇帝，盼能理解开战的决定。尽管康熙皇帝用尽各种方法试图阻止双方开战，但是为时已晚；察珲多尔济已发动攻击，杀害沙喇,击溃札萨克图汗宗族。一六八七年，察珲多尔济更进一步与准噶尔军队交战，斩杀噶尔丹的弟弟多尔济札布。
翌年，一六八八年春天，试图复仇的噶尔丹・博硕克图汗率领三万人的军队，翻越杭爱山，在鄂尔浑河上游的塔米尔河地区，与察珲多尔济的喀尔喀军队展开决战。结果，喀尔喀军队大败，察珲尔济的五千兵力，最后生还者仅有两百余人。一阵混乱之中，察珲多尔济只身越过山岭，逃往翁金河。噶尔丹将兵力分为两路，自己率领部队向东方前进，丛土拉河越过肯特山脉，入侵车臣汗宗族在克鲁伦河畔的领地；另一支部队则是进攻位于鄂尔珲河畔，哲布尊丹巴所在的额尔德尼召寺院。额尔德尼召寺院建造于一五八五年，为喀尔喀最古老的寺院，位置是在过去蒙古帝国故都哈拉和林城的遗迹之上。哲布尊丹巴带着兄长察珲多尔济的家人，仓皇失措地逃往南蒙古，向清廷的康熙皇帝寻求保护。
在这段期间，察珲多尔济拚命地重整旗鼓，再次聚集兵力；秋天，噶尔丹军队从克鲁伦河回到土拉河，与察珲多尔济军在鄂罗会诺湖之地交战，经历三日激烈的战斗，察珲多尔济再度大败，只能越过戈壁沙漠，逃往南蒙古，与弟弟哲布尊丹巴一起向康熙皇帝请愿，希望能准许他们归顺臣服。喀尔喀溃散，大批民众纷纷逃难，如雪崩般勇进南蒙古，北蒙古国则是完全落入噶尔丹的手中。眼见喀尔喀蒙古难民人数上达数十万人，康熙皇帝在南蒙古地区指定数个牧埸，赐予家畜，并丛中国内地运送粮食救济。
尽管如此，从康熙皇帝的角度看来，局势之所以演变至此，是起因于察理多尔济未能遵守枯冷白尔济的和约所致，因此就算是准噶尔击溃喀尔喀蒙古，清朝也没有理由介入北蒙古的事务。而从噶尔丹的立场来说，与清朝为敌，在中国贸易上的利益也将化为乌有，因此也没有理由与清朝开战。但是，事情牵扯到土谢图汗以及哲布尊丹巴，又是另外一回事。察珲多尔济是背弃和约、杀害主君和自己弟弟的犯人，哲布尊丹巴则是轻视达赖喇嘛权威的不肖之徒；因此，噶尔丹屡次向康熙皇帝提出,要求引渡察理多尔济和哲布尊丹巴。康熙皇帝以清廷和喀尔喀左翼长久以来的友好和平为由，努力地居中斡旋，希望能够透过谈判，纪察珲多尔济与噶尔丹双方和解，和平解决问题。然而，局势并未因此有所好转。