等待了四年的岁月，于在一六九五年的秋季到来。此时，噶尔丹正从蒙古高原向东前进，越过肯特山脓，将大本管设在克鲁伦河上游的巴颜乌兰 。此地距离北京一千公里左右，勉强算是位于清军得以出动的范围之内。然而，这也必须是在成功突袭、速战速决的前提之下才能够成立的推论。倘若清军迟迟无法捕捉噶尔丹军，耗尽粮食后打算撤退之际，被敌方的游击战阻断退路的话，无论清军出动多么声势浩大的人马，也只能陷在敌军的陷阱之中，自生自灭。但，即使是极为危险的睹注，康熙皇帝还是毅然决然地发动横越戈壁沙漠的作战。
清军被编为三个军团，黑龙江将军萨布素率领东路军三万五千四百三十名士兵，从潘阳出发，朝东绕往克鲁伦河。抚远大将费扬古率领西路军三万五千六百名士兵，丛南蒙古西部越过阴山山脉，横越戈壁沙漠西部，离开翁金河转朝西纪行，前往土拉河。由康熙皇帝貌自指挥的中路军有三万七千名士兵，从北京出发，接着丛现今内蒙古自治区的苏尼特左旗地区，丛戈壁沙漠中央西北方切入，直接朝着噶尔丹在巴颜乌兰的大本管前进。这条路线与今日集宁——乌兰巴托铁路的东方两百公里处，几乎呈现相互平行的样貌。
翌年春天，清军总算出发，开始了对北蒙古的冒险远征。一六九六年前后，清军展开为期九十八天的第一次大作战；同年秋季至冬季，康熙皇帝发动第二次大作战，翌年(一六九七年)春季至夏季则是第三次大作战；在这三次作战中，康熙皇帝都亲自站上蒙古高原的前线，至于远征期间北京的政务，则交由二阿哥皇太子胤礽负责。皇太子的母亲是康熙皇帝最早的正宫，生下皇太子后，便因产褥感染而逝世。也因为这个缘故，根据布韦神父的记录，康熙皇帝特别宠爱这位长得眉清目秀的皇太子，甚至亲自教导他天文学和数学等知识。
康熙皇帝在是三次远征的征途中，总会趁着繁忙军务的空暇，详细地将亲征期间每日发生的种种事件书写成信，寄送给北京的皇太子。这些出自康熙皇帝亲笔手写的原文书信，如今保存在台北的国立故宫博物院内。不用一般的墨，而使用砾砂墨书写，是中国皇帝的特权，信中的语言并非汉文，而是满文。
满语的语序和日语、韩语相近,文字则是使用独特的字母，採直式书写。满文是大清帝国的公用语言，一六四四年起至一九一二年为止，是中国最重要的语言。现今的中国，在日常生活中使用满语的人们，只剩下生活在新疆维吾尔自治区伊犁河溪谷一带，被称为锡伯族的数万人民，而身处内地的满族，如今也只说汉语了。尽管如此，但满文的重要性并未有所改变。之所以这，是由于清代与俄罗斯帝国所缔结的条约正文皆是满文，所以即便是现代，在中国国境问题的对外交涉上，满文仍是不可或缺的知识。
无论如何，对历史学家而言，康熙皇帝的书信可说是极为稀有的史料。一般而言，皇帝因为地位的关系，与臣子之间的对话会留在记录之中，但内容主要是对政治间题的意见交换，而不会反映出皇帝个人的生活和感情。然而，康熙皇帝这些以砾砂墨书写的信件,对像是作为自己的后继者而特别叮嘱、教育、宠爱有加的皇太子，因此是属于私人信件的性质。内容不只是提及作战的进展，还包括行军途中对蒙古自然环境的观察，随着情势的变动而反映出或喜或忧的感情等，生动地传达出这位超群非凡的天才政治家、同时也是中国历史上首屈一指明君的人性面。
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